Sesuai Anggaran Dasar BAB V, Pasal 12 Tentang Organ Organisasi, JSIT INDONESIA memiliki Organ Organisasi sebagai berikut:
- Dewan Pembina adalah pengarah, pendamping, penasehat Pengurus Pusat JSIT INDONESIA dalam menjaga nilai-nilai, ideologi perjuangan, serta arah kebijakan organisasi sesuai dengan visi, misi, dan fungsi JSIT INDONESIA.
- Pengurus Pusat adalah pengurus tertinggi dalam organisasi JSIT INDONESIA sebagai penanggung jawab terhadap jalannya organisasi sesuai dengan amanah MUNAS.
- Pengurus Wilayah adalah pengurus organisasi JSIT INDONESIA di tingkat provinsi sebagai pelaksana kebijakan yang ditetapkan oleh Pengurus Pusat dan amanah MUSWIL.
- Pengurus Daerah adalah pengurus organisasi JSIT INDONESIA di tingkat kota/kabupaten sebagai pelaksana kebijakan yang ditetapkan oleh Pengurus Pusat dan Wilayah serta amanah MUSDA.